Doğumsal kalp hastalıklarında çok farklı farklı belirtileri ortaya çıkabilmektedir, bu belirtiler rutin kontrolle gidilen doktorlar veya anne babanın fark eden.

Başlıca belirtiler emerken yorulma, terleme ve emmeme, buna bağlı olarak kilo almama ve gelişim geriliği.

Daha büyük çocuklarda sık soluk alıp verme, nefes alırken zorlanma ve buna bağlı olarak morarma, çarpıntı, çabuk yorulma, göğüs ağrısı da başlıca belirtiler arasında sayılabilir. Tüm bunların toplamında ise gelişme bozukluğuna neden olur ve bebekte huzursuzluk yaratabilir.